1800年，美国第二任总统约翰·亚当斯的任期即将届满，新一任总统选举开始。亚当斯是联邦党人，在新一届的选举中，没能连任。民主共和党人托马斯·杰斐逊当选美国历史上的第三任总统。亚当斯离任前夜突击任命一批联邦党人为联邦治安法官，被人们称为“午夜法官”（midnight judges）。但因疏忽和忙乱有17份委任令在国务卿约翰·马歇尔（同时兼任首席大法官）卸任之前没能发出去。新总统杰弗逊上任后，立即指令新任国务卿麦迪逊将这17份委任状扣留。威廉·马伯里就是因委任状被扣押而不能任职的17人之一。于是马伯里等3人根据《1789年司法法》中第13条，即联邦最高法院有权对合众国公职人员发布职务执行令，向联邦最高法院起诉，要求麦迪逊交出委任状。此案件被称为“马伯里诉麦迪逊案”。

早在华盛顿政府期间，就因为国务卿杰斐逊和汉密尔顿的政治见解不同而逐渐形成了两个针锋相对的派系，即民主共和党（Democratic-republican Party）和联邦党（Federalist Party）。美国宪法中没有确立地方权力的归属，所以对宪法中这一权力的解释具有很大空间。谁拥有对宪法的解释权，谁就能在政治斗争中处于有利地位。联邦党在新一任总统选举中，不仅败北，而且失去了在国会中的优势地位，于是两党之间矛盾的白热化集中体现在“马伯里诉麦迪逊案”中。联邦党人的目的归根结底是试图争取利用宪法赋予总统任命联邦治安法官的权力，以控制不受选举结果直接影响的联邦司法部门，借此维持联邦党人在美国政治生活中的地位和影响。

根据“马伯里诉麦迪逊案”发生时立法、行政、司法三权的分配情况，马歇尔所代表的最高法院既无法挑战行政高官目无法纪的举动，更不能拒绝马伯里的诉讼请求。那么，对“马伯里诉麦迪逊案”该如何判决？马歇尔在法庭陈述中提出三个问题：第一，马伯里是否有权取得他所要求的任命？第二，如果他有权，法律是否向他提供补救办法？第三，如果法律确实向他提供补救办法，是否该由联邦最高法院向政府官员发出执行令？对前两个问题，马歇尔都作出了肯定的回答，即马伯里有权获得委任状，因为委任状的签发符合法律程序，总统扣押委任状属侵权行为。但对第三个问题作出解答前，马歇尔提出疑问，即：最高法院是否有权发出马伯里所要求的执行令。

马歇尔认为，马伯里等人所赖以提起诉讼的《1789年司法法》第13条与美国宪法相悖。因为宪法中宣称：“在一切有关大使、公使、领事以及以一州为当事人的案件中，最高法院有初审权。在所有其他案件中，最高法院有上诉审理权。”而“马伯里诉麦迪逊案”属于宪法所规定的“其他案件”，因此最高法院对之只有上诉审理权，并没有初审权，也就是说这个案子不属于最高法院的管辖范围。这正好与国会颁布的《1789年司法法》的规定相抵触。到底该坚持马伯里等人赖以提出诉求的法律还是坚持宪法？如果两条法律相抵触，法院必须作出裁决，这是法院的职责。

美国宪法代表了全体美国人民的意志，立法者和公民都必须遵守。美国人认为法官有权依据宪法而不是依据法律对公民进行判决，即美国人允许法官不使用在他看来违宪的法律。对此，马歇尔明确指出，与宪法相抵触的立法机关法案是无效的，并且不存在其他选择，于是他最终宣判，“与宪法相悖的法律是无效的，法院和其他部门均受宪法约束”，驳回原告马伯里的诉求。《1789年司法法》第13条因为违宪而被取消。

轰动一时的“马伯里诉麦迪逊案”终于以国会立法违宪而宣告结束。该案不仅提高了联邦最高法院的司法权威和地位，也为美国三权分立、互相制衡原则奠定了基石，成为美国司法史上的重要里程碑，标志着美国违宪审查制度的建立，被誉为“世界宪政第一案”。